在秋叶原，大学生兼“中二病”科学狂人冈部伦太郎，意外将家中微波炉改造成可发送短信到过去的“电话微波炉”。在一次次穿越中，他和伙伴们无意中引发蝴蝶效应，遭遇神秘组织 CERN 的追杀。为了拯救世界与最重要的人，冈部必须找出真正的世界线，抵达那扇改变命运的门——Steins;Gate。